《机动战士高达00》系列以四名高达驾驶员(Gundam Meister)的成长为故事主线。
机动战士高达00 第1卷 天人组织
西历2307年，由于化石燃料的枯竭，人类开始寻找全新形式的能源——由3条巨大的轨道式升降梯所组成的巨型太阳能发电系统。然而，能够分享这一能源的，只有世界上的一部分大国及其同盟国。
拥有3条巨大的轨道式升降梯的3个超大国及其联盟：以「美利坚合众国」为中央政府领导的的「UNION（世界经济联合）」，以「中国」、「俄罗斯」、「印度」为中心的「人类革新联盟」，以及以欧洲为中心的「AEU（新欧盟共同体）」。各大国家联盟为了各自的威信和繁荣，开展了庞大的争霸游戏。没错，即使历史的滚轮驶入了24世纪，人类依然保持着四分五裂的状态。
在这个战争终日不绝的世界，一个宣称“以武力根绝战争”的私人武装组织出现了。拥有机动战士「高达」的他们，名为「天人武装组织（Celestial Being）」。凭借高达强大的性能，他们开始对各国纷争进行武力介入。
机动战士高达00 第2卷 捕获高达
西历2312年，自天人和国联军的宇宙决战已经过去四年。地球联邦政府为了树立新人类乃至于国家的统一和人类的统一，去除联邦正规军之外还组织了独立治安维护部队「A-Laws」。然而其实态却是借着统一的名目对***的势力及思想进行非人道的镇压。
为了实现梦想以及守护路易斯的承诺，因而走向宇宙技术者之路的沙慈也不可避免的被卷入联邦政府的改革中。
另一方面，在四年前的最终决战中生还的刹那和天人不断探寻这改变世界未来之路。梦想着有一天达到监视者阿雷哈罗创造出没有战争的和平世界。「A-Laws」的镇压下的伪和平以及歪曲的事实。刹那决意与拥有改变世界力量的高达一起再次决斗。
在再次动荡的世界中，刹那和沙慈所前进的道路将会延伸到何处？
在最后，刹那的变革会将人类带向何方？
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